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       1             : //# UtilsTVI.h: This file contains the interface definition of the MSTransformManager class.
       2             : //#
       3             : //#  CASA - Common Astronomy Software Applications (http://casa.nrao.edu/)
       4             : //#  Copyright (C) Associated Universities, Inc. Washington DC, USA 2011, All rights reserved.
       5             : //#  Copyright (C) European Southern Observatory, 2011, All rights reserved.
       6             : //#
       7             : //#  This library is free software; you can redistribute it and/or
       8             : //#  modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
       9             : //#  License as published by the Free software Foundation; either
      10             : //#  version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
      11             : //#
      12             : //#  This library is distributed in the hope that it will be useful,
      13             : //#  but WITHOUT ANY WARRANTY, without even the implied warranty of
      14             : //#  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
      15             : //#  Lesser General Public License for more details.
      16             : //#
      17             : //#  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
      18             : //#  License along with this library; if not, write to the Free Software
      19             : //#  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston,
      20             : //#  MA 02111-1307  USA
      21             : //# $Id: $
      22             : 
      23             : #ifndef UtilsTVI_H_
      24             : #define UtilsTVI_H_
      25             : 
      26             : // casacore containers
      27             : #include <casacore/casa/Arrays/Cube.h>
      28             : #include <casacore/casa/Arrays/Matrix.h>
      29             : #include <casacore/casa/Arrays/Vector.h>
      30             : #include <casacore/casa/Arrays/VectorIter.h>
      31             : #include <casacore/casa/Containers/Record.h>
      32             : 
      33             : // Measurement Set
      34             : #include <casacore/ms/MeasurementSets/MeasurementSet.h>
      35             : 
      36             : // Standard Lib
      37             : #include <map>
      38             : #include <float.h>
      39             : 
      40             : // NOTE: See implementation include below
      41             : 
      42             : 
      43             : namespace casa { //# NAMESPACE CASA - BEGIN
      44             : 
      45             : namespace vi { //# NAMESPACE VI - BEGIN
      46             : 
      47             : 
      48             : //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
      49             : // DataCubeHolderBase class
      50             : //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
      51             : 
      52             : class DataCubeHolderBase
      53             : {
      54             : 
      55             : public:
      56             : 
      57     3079921 :         DataCubeHolderBase() {}
      58     3079921 :         virtual ~DataCubeHolderBase() {}
      59             :         virtual DataCubeHolderBase * selfReference() = 0;
      60             :         virtual void setMatrixIndex(casacore::uInt matrixIndex) = 0;
      61             :         virtual void setVectorIndex(casacore::uInt vectorIndex) = 0;
      62             :         casacore::uInt getMatrixIndex();
      63             :         casacore::uInt getVectorIndex();
      64             :         casacore::IPosition & getCubeShape();
      65             :         casacore::IPosition & getMatrixShape();
      66             :         casacore::IPosition & getVectorShape();
      67             : 
      68             :   // Methods controlling internal iteration
      69             :   // gmoellen (2017Mar06)
      70             :   virtual void setupVecIter() = 0;
      71             :   virtual void reset() = 0;
      72             :   virtual void next() = 0;
      73             :   virtual casacore::Bool pastEnd() = 0;
      74             : 
      75             : protected:
      76             : 
      77             :         casacore::uInt matrixIndex_p;
      78             :         casacore::uInt vectorIndex_p;
      79             :         casacore::IPosition cubeShape_p;
      80             :         casacore::IPosition matrixShape_p;
      81             :         casacore::IPosition vectorShape_p;
      82             : };
      83             : 
      84             : //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
      85             : // DataCubeHolder class
      86             : //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
      87             : 
      88             : template <class T> class DataCubeHolder : public DataCubeHolderBase
      89             : {
      90             : 
      91             : public:
      92             : 
      93     1204771 :         DataCubeHolder(casacore::Cube<T> &dataCube) 
      94     1204771 :           : veciter_p(0)
      95             :         {
      96     1204771 :                 cube_p.reference(dataCube);
      97     1204771 :                 cubeShape_p = cube_p.shape();
      98     1204771 :         }
      99             : 
     100     1838267 :         DataCubeHolder(const casacore::Cube<T> &dataCube)
     101     1838267 :           : veciter_p(0)
     102             :         {
     103     1838267 :                 cube_p.reference(dataCube);
     104     1838267 :                 cubeShape_p = cube_p.shape();
     105     1838267 :         }
     106             : 
     107             :         DataCubeHolder(casacore::Matrix<T> &dataMatrix)
     108             :           : veciter_p(0)
     109             :         {
     110             :                 matrix_p.reference(dataMatrix);
     111             :                 matrixShape_p = matrix_p.shape();
     112             :         }
     113             : 
     114             :         DataCubeHolder(const casacore::Matrix<T> &dataMatrix)
     115             :           : veciter_p(0)
     116             :         {
     117             :                 matrix_p.reference(dataMatrix);
     118             :                 matrixShape_p = matrix_p.shape();
     119             :         }
     120             : 
     121       36883 :         DataCubeHolder(casacore::Vector<T> &dataVector)
     122       36883 :           : veciter_p(0)
     123             :         {
     124       36883 :                 vector_p.reference(dataVector);
     125       36883 :                 vectorShape_p = vector_p.shape();
     126       36883 :         }
     127             : 
     128             :         DataCubeHolder(const casacore::Vector<T> &dataVector)
     129             :           : veciter_p(0)
     130             :         {
     131             :                 vector_p.reference(dataVector);
     132             :                 vectorShape_p = vector_p.shape();
     133             :         }
     134             : 
     135             :   // Destructor must delete the iterator
     136             :   // gmoellen (2017Mar06)
     137     3079921 : virtual ~DataCubeHolder()
     138             :   {
     139     3018132 :     if (veciter_p) delete veciter_p;
     140     6098053 :   }
     141             : 
     142             : 
     143             :         casacore::Matrix<T> & getMatrix() {return matrix_p;}
     144   488077673 :         casacore::Vector<T> & getVector() {return vector_p;}
     145             : 
     146     4071178 :         void setMatrixIndex(casacore::uInt matrixIndex)
     147             :         {
     148     4071178 :                 matrix_p.resize(); // Resize to 0 to avoid shape conformance problems
     149     4071178 :                 matrixIndex_p = matrixIndex;
     150     4071178 :                 matrix_p.reference(cube_p.xyPlane(matrixIndex));
     151     4071178 :                 matrixShape_p = matrix_p.shape();
     152             : 
     153     4071178 :                 return;
     154             :         }
     155             : 
     156     7838560 :         void setVectorIndex(casacore::uInt vectorIndex)
     157             :         {
     158     7838560 :                 vector_p.resize(); // Resize to 0 to avoid shape conformance problems
     159     7838560 :                 vectorIndex_p = vectorIndex;
     160     7838560 :                 vector_p.reference(matrix_p.row(vectorIndex));
     161     7838560 :                 vectorShape_p = vector_p.shape();
     162             : 
     163     7838560 :                 return;
     164             :         }
     165             : 
     166           0 :         DataCubeHolderBase * selfReference()
     167             :         {
     168           0 :                 DataCubeHolder<T> *selfRef = new DataCubeHolder<T>(cube_p);
     169           0 :                 return static_cast<DataCubeHolderBase*>(selfRef);
     170             :         }
     171             : 
     172             : 
     173             :   // Methods controlling internal iteration
     174             :   // gmoellen (2017Mar06)
     175     3018132 :   virtual void setupVecIter() {
     176             :     // Construct the iterator, selecting the channel axis cursor
     177     3018132 :     if (veciter_p) delete veciter_p;
     178     3018132 :     veciter_p = new casacore::VectorIterator<T>(cube_p,1);  // normally deleted in dtor
     179             :     // refer vector_p to the iterator's vector; this will stay sync'd
     180     3018132 :     vector_p.reference(veciter_p->vector());
     181     3018132 :     vectorShape_p = vector_p.shape(); 
     182             :     // NB: matrix_p refers to nothing (forever, in this context)
     183     3018132 :   }
     184             :   // NB: the reference calls below can be avoided if vector_p is a _c++_ reference
     185             :   //     initialzed in the DCH ctor to reference veciter_p's internal Vector
     186           0 :   virtual void reset() {veciter_p->reset(); vector_p.reference(veciter_p->vector());}
     187   474611738 :   virtual void next() {veciter_p->next(); vector_p.reference(veciter_p->vector());}
     188   159209962 :   virtual casacore::Bool pastEnd() {return veciter_p->pastEnd(); }
     189             : 
     190             : protected:
     191             : 
     192             :         casacore::Cube<T> cube_p;
     193             :         casacore::Matrix<T> matrix_p;
     194             :         casacore::Vector<T> vector_p;
     195             : 
     196             :   // Iterator for cube_p
     197             :   // gmoellen (2017Mar06)
     198             :   casacore::VectorIterator<T> *veciter_p;
     199             : 
     200             : };
     201             : 
     202             : //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
     203             : // DataCubeMap class
     204             : //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
     205             : 
     206             : class DataCubeMap
     207             : {
     208             : 
     209             : public:
     210             : 
     211             :         DataCubeMap();
     212             :         DataCubeMap(DataCubeMap& other);
     213             :         virtual ~DataCubeMap();
     214             : 
     215             :         void add(casacore::MS::PredefinedColumns key,DataCubeHolderBase* dataCubeHolder);
     216             :         void add(casacore::MS::PredefinedColumns key,DataCubeHolderBase &dataCubeHolder);
     217             : 
     218             :         casacore::Bool present(casacore::MS::PredefinedColumns key);
     219             : 
     220   488077673 :         template <class T> casacore::Vector<T> & getVector(casacore::MS::PredefinedColumns key)
     221             :         {
     222   488077673 :                 DataCubeHolder<T> *dataCubeHolder = static_cast< DataCubeHolder<T>* >(dataCubeMap_p[key]);
     223   488077673 :                 return dataCubeHolder->getVector();
     224             :         }
     225             : 
     226             :         template <class T> casacore::Matrix<T> & getMatrix(casacore::MS::PredefinedColumns key)
     227             :         {
     228             :                 DataCubeHolder<T> *dataCubeHolder = static_cast< DataCubeHolder<T>* >(dataCubeMap_p[key]);
     229             :                 return dataCubeHolder->getVector();
     230             :         }
     231             : 
     232             :         void setMatrixIndex(casacore::uInt rowIndex);
     233             :         void setVectorIndex(casacore::uInt vectorIndex);
     234             : 
     235             :         casacore::IPosition & getCubeShape();
     236             :         casacore::IPosition & getMatrixShape();
     237             :         casacore::IPosition & getVectorShape();
     238             : 
     239             :         size_t nelements();
     240             : 
     241             :   // Methods controlling iteration
     242             :   // gmoellen (2017Mar06)
     243             :   virtual void setupVecIter(); 
     244             :   void reset();
     245             :   void next();
     246             :   casacore::Bool pastEnd();
     247             : 
     248             : 
     249             : protected:
     250             : 
     251             :         std::map<casacore::MS::PredefinedColumns, DataCubeHolderBase*> dataCubeMap_p;
     252             :         std::map<casacore::MS::PredefinedColumns, DataCubeHolderBase*>::iterator dataCubeMapIter_p;
     253             : };
     254             : 
     255             : 
     256             : //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
     257             : // Convenience methods
     258             : //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
     259             : 
     260    30423112 : inline casacore::Float weightToSigma (casacore::Float weight)
     261             : {
     262    30423112 :         return weight > FLT_MIN ? 1.0 / std::sqrt (weight) : -1.0;
     263             : }
     264             : 
     265   302648762 : inline casacore::Float sigmaToWeight (casacore::Float sigma)
     266             : {
     267   302648762 :         return sigma > FLT_MIN ? 1.0 / (sigma * sigma) : 0.0;
     268             : }
     269             : 
     270             : void accumulateWeightCube (     const casacore::Cube<casacore::Float> &weightCube,
     271             :                                                         const casacore::Cube<casacore::Bool> &flags,
     272             :                                                         casacore::Matrix<casacore::Float> &result);
     273             : 
     274             : void accumulateWeightMatrix (   const casacore::Matrix<casacore::Float> &weightMatrix,
     275             :                                                                 const casacore::Matrix<casacore::Bool> &flags,
     276             :                                                                 casacore::Vector<casacore::Float> &result);
     277             : 
     278             : void accumulateFlagCube (       const casacore::Cube<casacore::Bool> &flagCube,
     279             :                                                         casacore::Vector<casacore::Bool> &flagRow);
     280             : 
     281             : 
     282             : 
     283             : } //# NAMESPACE VI - END
     284             : 
     285             : } //# NAMESPACE CASA - END
     286             : 
     287             : 
     288             : #endif /* UtilsTVI_H_ */
     289             :