LCOV - code coverage report
Current view: top level - air_casawvr/casawvr - mswvrdata.cc (source / functions) Hit Total Coverage
Test: casacpp_coverage.info Lines: 228 315 72.4 %
Date: 2024-12-11 20:54:31 Functions: 10 12 83.3 %

          Line data    Source code
       1             : /**
       2             :    Bojan Nikolic <b.nikolic@mrao.cam.ac.uk>, <bojan@bnikolic.co.uk>
       3             :    Initial version January 2010.
       4             :    Maintained by ESO since 2013. 
       5             :    
       6             :    This file is part of LibAIR and is licensed under GNU Public
       7             :    License Version 2
       8             :    
       9             :    \file mswvrdata.cpp
      10             :    Renamed mswvrdata.cc 2023
      11             : 
      12             : */
      13             : 
      14             : #include <set>
      15             : #include <memory>
      16             : #include <iostream>
      17             : #include <iomanip>
      18             : 
      19             : #include "mswvrdata.h"
      20             : #include "msspec.h"
      21             : #include "msutils.h"
      22             : #include "casawvr_errs.h"
      23             : 
      24             : #include <casacore/ms/MeasurementSets/MeasurementSet.h>
      25             : #include <casacore/ms/MeasurementSets/MSProcessor.h>
      26             : #include <casacore/ms/MeasurementSets/MSColumns.h>
      27             : #include <casacore/ms/MSOper/MSDerivedValues.h>
      28             : #include <casacore/casa/Utilities/GenSort.h>
      29             : #include <casacore/casa/Arrays/Vector.h>
      30             : #include <casacore/casa/Quanta/MVTime.h>
      31             : 
      32             : #include "../src/apps/arraydata.h"
      33             : 
      34             : 
      35             : namespace LibAIR2 {
      36             : 
      37             :   SPWSet
      38          87 :   WVRSPWIDs(const casacore::MeasurementSet &ms)
      39             :   {
      40          87 :     const casacore::MSSpectralWindow & specTable(ms.spectralWindow());
      41             :     // Not using these in present algorithm
      42             :     //const casacore::MSProcessor  & proc(ms.processor());
      43             : 
      44             :     casacore::ScalarColumn<casacore::Int> nc(specTable,
      45          87 :                                        casacore::MSSpectralWindow::columnName(casacore::MSSpectralWindow::NUM_CHAN));
      46             :     
      47          87 :     SPWSet res;
      48        2142 :     for(size_t i=0; i<specTable.nrow(); ++i)
      49             :     {
      50        2055 :       if (nc(i)==4)
      51        1359 :         res.insert(i);
      52             :     }
      53         174 :     return res;
      54          87 :   }
      55             : 
      56             :   std::set<size_t>
      57          58 :   WVRDataDescIDs(const casacore::MeasurementSet &ms,
      58             :                  const std::vector<int> &wvrspws)
      59             :   {
      60          58 :     SPWSet ssfull=WVRSPWIDs(ms);
      61          58 :     std::map<size_t, size_t> ddmap=SPWDataDescMap(ms);
      62          58 :     std::set<size_t> res;
      63             : 
      64          58 :     SPWSet ss;
      65          58 :     if(wvrspws.size()==0){
      66           0 :       ss = ssfull;
      67             :     }
      68             :     else{
      69         892 :       for(size_t i=0; i<wvrspws.size(); i++){
      70         834 :         if(ssfull.count(wvrspws[i])){
      71         834 :           ss.insert(wvrspws[i]);
      72             :         }
      73             :       }
      74             :     }
      75             : 
      76          58 :     for(SPWSet::const_iterator si=ss.begin();
      77         892 :         si!=ss.end();
      78         834 :         ++si)
      79             :     {
      80         834 :       if (ddmap.count(*si))
      81             :       {
      82          58 :         res.insert(ddmap[*si]);
      83             :       }
      84             :     }
      85         116 :     return res;
      86          58 :   }
      87             : 
      88           0 :   size_t nWVRSPWIDs(const casacore::MeasurementSet &ms)
      89             :   {
      90           0 :     SPWSet s=WVRSPWIDs(ms);
      91           0 :     return s.size();
      92           0 :   }
      93             : 
      94             :   AntSet
      95          49 :   WVRAntennas(const casacore::MeasurementSet &ms,
      96             :               const std::vector<int> &wvrspws)
      97             :   {
      98          49 :     AntSet res=WVRAntennasFeedTab(ms, wvrspws);
      99          49 :     if (res.size() == 0)
     100             :     {
     101           6 :       res=WVRAntennasMainTab(ms, wvrspws);
     102             :     }
     103          49 :     return res;
     104           0 :   }
     105             :   
     106             :   AntSet
     107          49 :   WVRAntennasFeedTab(const casacore::MeasurementSet &ms,
     108             :                      const std::vector<int> &wvrspws)
     109             :   {
     110          49 :     const casacore::MSFeed &feedtable=ms.feed();
     111             : 
     112             :     casacore::ScalarColumn<casacore::Int> ant(feedtable,
     113          49 :                                         casacore::MSFeed::columnName(casacore::MSFeed::ANTENNA_ID));
     114             : 
     115             :     casacore::ScalarColumn<casacore::Int> fspw(feedtable,
     116          49 :                                          casacore::MSFeed::columnName(casacore::MSFeed::SPECTRAL_WINDOW_ID));
     117             : 
     118          49 :     const size_t nfeeds=feedtable.nrow();
     119          49 :     AntSet res;
     120       21221 :     for (size_t i=0; i<nfeeds; ++i){
     121      388128 :       for (size_t j=0; j<wvrspws.size(); j++){
     122      366956 :         if(fspw(i)==wvrspws[j]){
     123       13420 :             res.insert(ant(i));
     124             :         }
     125             :       }
     126             :     }
     127             : 
     128          98 :     return res;
     129             :     
     130          49 :   }
     131             : 
     132             :   AntSet
     133           6 :   WVRAntennasMainTab(const casacore::MeasurementSet &ms,
     134             :                      const std::vector<int> &wvrspws)
     135             :   {
     136           6 :     std::set<size_t> dsc_ids=WVRDataDescIDs(ms, wvrspws);
     137             : 
     138             :     casacore::ScalarColumn<casacore::Int> c_desc_id(ms,
     139           6 :                                           casacore::MS::columnName(casacore::MS::DATA_DESC_ID));
     140             :     casacore::ScalarColumn<casacore::Int> a1(ms,
     141           6 :                                        casacore::MS::columnName(casacore::MS::ANTENNA1));
     142             : 
     143           6 :     AntSet res;
     144           6 :     const size_t nrows=c_desc_id.nrow();    
     145      503568 :     for(size_t i=0; i<nrows; ++i)
     146             :     {
     147      503562 :       if (dsc_ids.count(c_desc_id(i))>0)
     148             :       {
     149        9402 :         res.insert(a1(i));
     150             :       }
     151             :     }
     152          12 :     return res;
     153           6 :   }
     154             : 
     155          26 :   void WVRAddFlaggedAnts(const casacore::MeasurementSet &ms,
     156             :                          LibAIR2::AntSet &flaggedAnts)
     157             :   {
     158             :         // add the antennas flagged in the ANTENNA table to the set
     159          26 :     casacore::ScalarColumn<casacore::Bool> antflagrow(ms.antenna(),
     160          26 :                                                 casacore::MSAntenna::columnName(casacore::MSAntenna::FLAG_ROW));
     161          26 :     const size_t nants=ms.antenna().nrow();
     162         508 :     for(size_t i=0; i<nants; i++)
     163             :     {
     164         482 :       if(antflagrow(i)==casacore::True) // i.e. flagged
     165             :       {
     166           0 :         flaggedAnts.insert(i);
     167             :       }
     168             :     }
     169          26 :   }
     170             : 
     171             : 
     172          26 :   void WVRTimeStatePoints(const casacore::MeasurementSet &ms,
     173             :                           std::vector<double> &times,
     174             :                           std::vector<size_t> &states,
     175             :                           std::vector<size_t> &field,
     176             :                           std::vector<size_t> &source,
     177             :                           const std::vector<int> &wvrspws,
     178             :                           const std::vector<size_t> &sortedI)
     179             :   {
     180          26 :     std::set<size_t> dsc_ids=WVRDataDescIDs(ms, wvrspws);
     181          26 :     size_t dsc_id = *dsc_ids.begin();
     182             : 
     183             :     casacore::ScalarColumn<casacore::Double> c_times(ms,
     184          26 :                                                casacore::MS::columnName(casacore::MS::TIME));
     185             :     casacore::ScalarColumn<casacore::Int> c_states(ms,
     186          26 :                                              casacore::MS::columnName(casacore::MS::STATE_ID));
     187             :     casacore::ScalarColumn<casacore::Int> c_field(ms,
     188          26 :                                             casacore::MS::columnName(casacore::MS::FIELD_ID));
     189             : 
     190             :     casacore::ScalarColumn<casacore::Int> c_desc_id(ms,
     191          26 :                                               casacore::MS::columnName(casacore::MS::DATA_DESC_ID));
     192             :     casacore::ScalarColumn<casacore::Int> a1(ms,
     193          26 :                                        casacore::MS::columnName(casacore::MS::ANTENNA1));
     194             : 
     195             :     casacore::ArrayColumn<casacore::Bool> c_flags(ms,
     196          26 :                                             casacore::MS::columnName(casacore::MS::FLAG));
     197             : 
     198          26 :     std::map<size_t, size_t> srcmap=getFieldSrcMap(ms);
     199             : 
     200          26 :     times.resize(0);
     201          26 :     states.resize(0);
     202             : 
     203          26 :     double prev_time=0.;
     204             : 
     205          26 :     const size_t nrows=c_desc_id.nrow();    
     206      514719 :     for(size_t ii=0; ii<nrows; ++ii)
     207             :     {
     208             : 
     209      514693 :       size_t i = sortedI[ii];
     210             : 
     211     1002889 :       if (c_times(i)>prev_time and  // only one entry per time stamp
     212      488196 :           c_desc_id(i)==(int)dsc_id 
     213             :           )
     214             :       {
     215         996 :         prev_time = c_times(i);
     216             : 
     217         996 :         bool haveUnflaggedWvrData=false;
     218         996 :         size_t iii=ii;
     219        9691 :         while(iii<nrows && c_times(sortedI[iii])==prev_time)
     220             :         {
     221             :           // while in this timestamp, check if there is unflagged WVR data
     222       12278 :           if(c_desc_id(sortedI[iii])==(int)dsc_id and 
     223       12278 :              casacore::allEQ(casacore::False, c_flags(sortedI[iii]))) // i.e. not flagged
     224             :           {
     225         924 :             haveUnflaggedWvrData=true;
     226         924 :             break;
     227             :           }
     228        8695 :           iii++;
     229             :         }
     230         996 :         if(haveUnflaggedWvrData)
     231             :         {
     232         924 :           times.push_back(c_times(i));
     233         924 :           states.push_back(c_states(i));
     234         924 :           field.push_back(c_field(i));
     235             : #if __GNUC__ <= 4 and __GNUC_MINOR__ < 1
     236             :           source.push_back(srcmap[(c_field(i))]);
     237             : #else
     238         924 :           source.push_back(srcmap.at(c_field(i)));
     239             : #endif
     240             :         }
     241             :       }
     242             :     }
     243          26 :   }
     244             : 
     245          25 :   void loadPointing(const casacore::MeasurementSet &ms,
     246             :                     std::vector<double> &time,
     247             :                     std::vector<double> &az,
     248             :                     std::vector<double> &el)
     249             :   {
     250          25 :     const casacore::MSPointing &ptable=ms.pointing();
     251          25 :     const casacore::MSPointingColumns ptablecols(ptable);
     252          25 :     const casacore::ArrayColumn<casacore::Double> &dir=ptablecols.direction();
     253          25 :     const casacore::ScalarColumn<casacore::Double> &ptime=ptablecols.time();
     254             : 
     255          25 :     const size_t n=ptime.nrow();
     256          25 :     if(n==0){
     257           0 :       throw LibAIR2::MSInputDataError("Didn't find any POINTING data points");
     258             :     }
     259             : 
     260          25 :     time.resize(n); 
     261          25 :     az.resize(n); 
     262          25 :     el.resize(n);
     263     2633785 :     for(size_t i=0; i<n; ++i)
     264             :     {
     265     2633760 :       time[i]=ptime(i);
     266     2633760 :       casacore::Array<casacore::Double> a;
     267     2633760 :       dir.get(i, a,
     268             :               casacore::True);
     269     2633760 :       az[i]=a(casacore::IPosition(2,0,0));
     270     2633760 :       el[i]=a(casacore::IPosition(2,1,0));
     271     2633760 :     }
     272          25 :   }
     273             : 
     274             :   /** Get the nearest pointing record to each WVR observation
     275             :    */
     276          25 :   bool WVRNearestPointing(const casacore::MeasurementSet &ms,
     277             :                           const std::vector<double> &time,
     278             :                           std::vector<double> &az,
     279             :                           std::vector<double> &el)
     280             :   {
     281             : 
     282          25 :     std::vector<double> ptime, paz, pel;
     283          25 :     bool rval = true;
     284             :     try{
     285          25 :       loadPointing(ms,
     286             :                    ptime,
     287             :                    paz,
     288             :                    pel);
     289             :     }
     290           0 :     catch(const std::runtime_error rE){
     291           0 :       std::cerr << std::endl << "WARNING: problem while accessing POINTING table:"
     292           0 :                 << std::endl << "         LibAIR2::WVRNearestPointing: " << rE.what() << std::endl;
     293           0 :       std::cout << std::endl << "WARNING: problem while accessing POINTING table:"
     294           0 :                 << std::endl << "         LibAIR2::WVRNearestPointing: " << rE.what() << std::endl;
     295           0 :       rval = false;
     296           0 :     }
     297             : 
     298          25 :     size_t wrows=time.size();
     299          25 :     size_t prows=ptime.size();
     300             :     
     301          25 :     az.resize(wrows);  
     302          25 :     el.resize(wrows);
     303             : 
     304          25 :     size_t pi=0;
     305             : 
     306         949 :     for (size_t wi=0; wi<wrows; ++wi)
     307             :     {
     308      423790 :       while(pi<(prows-1) and  ptime[pi]<time[wi])
     309      422866 :         ++pi;
     310         924 :       az[wi]=paz[pi];
     311         924 :       el[wi]=pel[pi];
     312             :     }
     313             : 
     314          25 :     return rval;
     315             : 
     316          25 :   }
     317             : 
     318             :   /** Calculate the AZ and EL for each WVR observation based on the field table
     319             :    */
     320           0 :   void WVRFieldAZEl(const casacore::MeasurementSet &ms,
     321             :                        const std::vector<double> &time,
     322             :                        const std::vector<size_t> &fields,
     323             :                        std::vector<double> &az,
     324             :                        std::vector<double> &el)
     325             :   {
     326             : 
     327           0 :     casacore::MSDerivedValues msd;
     328           0 :     casacore::MEpoch etime;
     329           0 :     casacore::MDirection azel;
     330             : 
     331             : 
     332           0 :     msd.setMeasurementSet(ms);
     333           0 :     msd.setAntenna(0); // use antenna 0 as reference position
     334             : 
     335           0 :     size_t wrows=time.size();
     336             :     
     337           0 :     az.resize(wrows);  
     338           0 :     el.resize(wrows);
     339             : 
     340           0 :     for (size_t wi=0; wi<wrows; ++wi)
     341             :     {
     342           0 :       etime.set(casacore::MVEpoch(casacore::Quantity(time[wi], "s")));
     343           0 :       msd.setEpoch(etime);
     344           0 :       msd.setFieldCenter(fields[wi]);
     345           0 :       azel = msd.azel();
     346           0 :       az[wi]=azel.getAngle().getValue()[0];
     347           0 :       el[wi]=azel.getAngle().getValue()[1];
     348             :     }
     349             : 
     350           0 :     return;
     351             : 
     352           0 :   }
     353             :                           
     354             : 
     355          26 :   InterpArrayData *loadWVRData(const casacore::MeasurementSet &ms, const std::vector<int>& wvrspws,
     356             :                                std::vector<size_t>& sortedI,
     357             :                                std::set<int>& flaggedantsInMain,
     358             :                                double requiredUnflaggedFraction,
     359             :                                bool usepointing,
     360             :                                std::string offsetstable)
     361             :   {
     362          26 :     bool haveOffsets=false;
     363          26 :     casacore::Vector<casacore::Double> offsetTime;
     364          26 :     casacore::Vector<casacore::Int> offsetAnts;
     365          26 :     casacore::Matrix<casacore::Double> offsets;
     366          26 :     if(offsetstable!=""){
     367             :       try{
     368           0 :         casacore::Table offsettab(offsetstable);
     369           0 :         casacore::ScalarColumn<casacore::Double> timecol(offsettab, "TIME");
     370           0 :         casacore::ScalarColumn<casacore::Int> antcol(offsettab, "ANTENNA");
     371           0 :         casacore::ArrayColumn<casacore::Double> offsetcol(offsettab, "OFFSETS");
     372           0 :         if(offsettab.nrow()>0){
     373           0 :           timecol.getColumn(offsetTime, casacore::True);
     374           0 :           antcol.getColumn(offsetAnts, casacore::True);
     375           0 :           offsetcol.getColumn(offsets, casacore::True);
     376           0 :           haveOffsets=true;
     377             :           //for(size_t i=0; i<offsetAnts.size(); i++){
     378             :           //  std::cout << std::setprecision(15) << offsetTime[i] << " " << offsetAnts[i] << " " << offsets.column(i) << std::endl;
     379             :           //}
     380             :         }
     381             :         else{
     382           0 :           throw LibAIR2::MSInputDataError("Provided Offsets Table is empty");
     383             :         }
     384           0 :       }
     385           0 :       catch(std::exception rE){
     386           0 :         std::cerr << "ERROR reading offsets table " << offsetstable << std::endl;
     387           0 :         throw rE;
     388           0 :       }
     389             :     }
     390             : 
     391          26 :     std::set<size_t> dsc_ids=WVRDataDescIDs(ms, wvrspws);
     392          26 :     AntSet wvrants=WVRAntennas(ms, wvrspws);
     393          26 :     const size_t nAnts=ms.antenna().nrow();
     394             : 
     395          26 :     if(requiredUnflaggedFraction<0.){
     396           0 :       std::cout << "WARNING: Negative required fraction of unflagged data points. Will assume 0." << std::endl;
     397           0 :       requiredUnflaggedFraction=0.;
     398             :     }
     399          26 :     if(requiredUnflaggedFraction>1.){
     400           0 :       std::cout << "WARNING: Required fraction of unflagged data points > 1. Will assume 1." << std::endl;
     401           0 :       requiredUnflaggedFraction=1.;
     402             :     }
     403             : 
     404             :     casacore::ScalarColumn<casacore::Double> maintime(ms,
     405          26 :                                                 casacore::MS::columnName(casacore::MS::TIME));
     406             : 
     407          26 :     const size_t nrows=maintime.nrow();
     408             : 
     409          26 :     sortedI.resize(nrows);
     410          26 :     flaggedantsInMain.clear();
     411             : 
     412             :     {
     413          26 :       casacore::Vector<casacore::uInt> sortedIV(nrows);
     414          26 :       casacore::Vector<casacore::Double> mainTimesV = maintime.getColumn();
     415          26 :       casacore::GenSortIndirect<casacore::Double>::sort(sortedIV,mainTimesV);
     416      514719 :       for(casacore::uInt i=0; i<nrows; i++){ // necessary for type conversion
     417      514693 :         sortedI[i] = (size_t) sortedIV(i); 
     418             :       }
     419          26 :     }
     420             : 
     421          26 :     std::vector<double> times, az, el;
     422          26 :     std::vector<size_t> states, fields, source;
     423          26 :     WVRTimeStatePoints(ms,
     424             :                        times,
     425             :                        states,
     426             :                        fields,
     427             :                        source,
     428             :                        wvrspws,
     429             :                        sortedI); 
     430             : 
     431          26 :     if (times.size() == 0){
     432           1 :       throw LibAIR2::MSInputDataError("Didn't find any WVR data points");
     433             :     }
     434             :     
     435          25 :     if(usepointing && !WVRNearestPointing(ms, times, az, el)){
     436           0 :       std::cout << "Could not get antenna pointing information from POINTING table." << std::endl;
     437           0 :       std::cerr << "Could not get antenna pointing information from POINTING table." << std::endl;
     438           0 :       usepointing=false;
     439             :     }
     440          25 :     if(!usepointing){
     441           0 :       std::cout << "Deriving antenna pointing information from FIELD table ..." << std::endl;
     442           0 :       std::cerr << "Deriving antenna pointing information from FIELD table ..." << std::endl;      
     443           0 :       WVRFieldAZEl(ms, times, fields, az, el);
     444             :     }
     445             : 
     446             :     std::unique_ptr<InterpArrayData> 
     447             :       res(new InterpArrayData(times, 
     448             :                               el,
     449             :                               az,
     450             :                               states,
     451             :                               fields,
     452             :                               source,
     453          25 :                               nAnts));
     454             : 
     455             :     // This holds how far we've filled in for each of the antennas
     456             : 
     457          25 :     int counter = -1;
     458             : 
     459          25 :     std::vector<size_t> nunflagged(nAnts, 0);
     460          25 :     std::vector<size_t> ntotal(nAnts, 0);
     461             : 
     462          25 :     casacore::ArrayColumn<casacore::Complex> indata(ms, casacore::MS::columnName(casacore::MS::DATA));
     463          25 :     casacore::ScalarColumn<casacore::Int> indsc_id(ms, casacore::MS::columnName(casacore::MS::DATA_DESC_ID));
     464          25 :     casacore::ScalarColumn<casacore::Int> a1(ms, casacore::MS::columnName(casacore::MS::ANTENNA1));
     465          25 :     casacore::ScalarColumn<casacore::Int> a2(ms, casacore::MS::columnName(casacore::MS::ANTENNA2));
     466             : 
     467          25 :     casacore::ArrayColumn<casacore::Bool> inflags(ms, casacore::MS::columnName(casacore::MS::FLAG));
     468             : 
     469          25 :     casacore::ScalarColumn<casacore::Double> c_times(ms, casacore::MS::columnName(casacore::MS::TIME));
     470             : 
     471          25 :     std::vector<size_t> offsetSortedI;
     472          25 :     size_t nOffRows=0;
     473             : 
     474          25 :     if(haveOffsets){ // prepare offset application
     475           0 :       for(casacore::uInt i=0; i<nrows; i++){
     476           0 :         if (a1(i) == a2(i) and 
     477           0 :             dsc_ids.count(indsc_id(i)) > 0)
     478             :           {
     479           0 :             ++nOffRows;
     480             :           }
     481             :       }
     482             : 
     483           0 :       if(offsetTime.size() != nOffRows){
     484           0 :         std::cout << "offsetTime.size() nOffRows nrows " << offsetTime.size() << " " 
     485           0 :                   <<  nOffRows << " " << nrows << std::endl;
     486           0 :         throw LibAIR2::MSInputDataError("Provided Offsets Table number of rows does not match the number of WVR data rows in MS.");
     487             :       }
     488           0 :       offsetSortedI.resize(nOffRows);
     489             : 
     490           0 :       casacore::Vector<casacore::uInt> offsetSortedIV(nOffRows);
     491           0 :       casacore::GenSortIndirect<casacore::Double>::sort(offsetSortedIV,offsetTime);
     492           0 :       for(casacore::uInt i=0; i<nOffRows; i++){ // necessary for type conversion
     493           0 :         offsetSortedI[i] = (size_t) offsetSortedIV(i); 
     494             :       }
     495           0 :     }
     496             : 
     497             :     //size_t offsetIndex=0;
     498          25 :     size_t offI=0;
     499          25 :     size_t offRow=0;
     500          25 :     double prevtime=0;
     501             : 
     502      514106 :     for(size_t ii=0; ii<nrows; ++ii)
     503             :     {
     504      514081 :       size_t i = sortedI[ii];
     505             : 
     506      566946 :       if (a1(i) == a2(i) and 
     507      566946 :           dsc_ids.count(indsc_id(i)) > 0)
     508             :       {
     509             : 
     510       19921 :         if(haveOffsets){
     511           0 :           offI = offsetSortedI[offRow];
     512           0 :           ++offRow;
     513             :         }
     514             : 
     515       19921 :         int newtimestamp = 0;
     516       19921 :         if(c_times(i)>prevtime)
     517             :         {
     518         962 :           prevtime = c_times(i); 
     519         962 :           newtimestamp = 1;
     520             :         }
     521             :         
     522       19921 :         if(c_times(i)==times[counter+newtimestamp]) // there is data for this timestamp
     523             :         {
     524             : 
     525       18819 :           if(newtimestamp==1)
     526             :           {
     527         924 :             ++counter;
     528             :           }
     529             : 
     530       18819 :           ++(ntotal[a1(i)]);
     531             : 
     532       18819 :           casacore::Array<casacore::Bool> fl;
     533       18819 :           inflags.get(i, fl, ::casacore::True);
     534             :  
     535       18819 :           if(casacore::allEQ(casacore::False, inflags(i))) // i.e. not flagged
     536             :           {
     537       18522 :             casacore::Array<std::complex<float> > a;
     538       18522 :             indata.get(i,a, casacore::True);
     539       18522 :             bool tobsbad=false;
     540       18522 :             bool matchingOffset=true;
     541             :             
     542       18522 :             if(haveOffsets){
     543           0 :               if(offsetTime(offI) != c_times(i)){
     544           0 :                 std::cerr << "WARNING: time disagreement: j i (offsetTime(j) - c_times(i)) "
     545           0 :                           << offI << " " << i << " " << offsetTime(offI) - c_times(i)
     546           0 :                           << std::endl;
     547           0 :                 matchingOffset=false;
     548             :               }
     549           0 :               if(offsetAnts(offI) != a1(i)){
     550           0 :                 std::cerr << "WARNING: antenna mismatch: j i offsetAnts(j) a1(i) "
     551           0 :                           << offI << " " << i << " " << offsetAnts(offI) << " " << a1(i)
     552           0 :                           << std::endl;
     553           0 :                 matchingOffset=false;
     554             :               }
     555             :             }
     556             : 
     557       92610 :             for(size_t k=0; k<4; ++k)
     558             :             {
     559       74088 :               casacore::Double rdata = a(casacore::IPosition(2,k,0)).real();
     560             :                 
     561       74088 :               if(haveOffsets && matchingOffset){
     562           0 :                 rdata -= offsets(k, offI);
     563             :               }
     564             : 
     565       74088 :               if(2.7<rdata and rdata<300.){
     566       68412 :                 res->set(counter,
     567       68412 :                          a1(i),
     568             :                          k,
     569             :                          rdata);
     570             :               }
     571             :               else{
     572        5676 :                 tobsbad=true;
     573             :               }
     574             :             }
     575       18522 :             if(tobsbad){ // TObs outside permitted range
     576        7095 :               for(size_t k=0; k<4; ++k){
     577        5676 :                 res->set(counter, a1(i), k, 0.);
     578             :               }
     579             :             }
     580             :             else{ 
     581       17103 :               nunflagged[a1(i)]++;
     582             :             }
     583       18522 :           }
     584             :           else{ // flagged
     585        1485 :             for(size_t k=0; k<4; ++k){
     586        1188 :               res->set(counter, a1(i), k, 0.);
     587             :             }
     588             :           }
     589       18819 :         } // end if c_times ...
     590             :       }
     591             :     } // end for ii
     592             : 
     593          25 :     bool allFlagged=true;
     594          71 :     for(AntSet::iterator it=wvrants.begin(); it != wvrants.end(); it++)
     595             :     {
     596          71 :       if(nunflagged[*it]>0)
     597             :       {
     598          25 :         allFlagged=false;
     599          25 :         break;
     600             :       }
     601             :     }
     602          25 :     if(!allFlagged)
     603             :     {
     604          25 :       allFlagged = true;
     605         489 :       for(AntSet::iterator it=wvrants.begin(); it != wvrants.end(); it++)
     606             :       {
     607         464 :         if(nunflagged[*it]==0)
     608             :         {
     609          46 :           std::cout << "All WVR data points for antenna " << *it << " are flagged." << std::endl;
     610          46 :           flaggedantsInMain.insert(*it);
     611             :         }
     612         418 :         else if(nunflagged[*it]<requiredUnflaggedFraction * ntotal[*it])
     613             :         {
     614           1 :           std::cout << "The fraction of good (unflagged) WVR data points for antenna " << *it
     615           1 :                     << " is " << nunflagged[*it] << " out of " << ntotal[*it]
     616           1 :                     << ". This is below the required " << requiredUnflaggedFraction*100.
     617           1 :                     << "%. Antenna will be flagged." << std::endl;
     618           1 :           flaggedantsInMain.insert(*it);
     619             :         }
     620             :         else{
     621         417 :           allFlagged=false;
     622             :         }
     623             :       }
     624          25 :       if(allFlagged)
     625             :       {
     626           0 :         throw LibAIR2::MSInputDataError("All antennas needed to be flagged.");
     627             :       }
     628             :     }
     629             :     else
     630             :     {
     631           0 :       throw LibAIR2::MSInputDataError("All WVR data points are flagged.");
     632             :     }
     633             : 
     634          50 :     return res.release();
     635             :     
     636          37 :   }
     637             :   
     638             : 
     639             : 
     640             : }
     641             : 
     642             : 

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