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1 : //# Flagger.h: this defines Flagger
2 : //# Copyright (C) 2000,2001
3 : //# Associated Universities, Inc. Washington DC, USA.
4 : //#
5 : //# This library is free software; you can redistribute it and/or modify it
6 : //# under the terms of the GNU Library General Public License as published by
7 : //# the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your
8 : //# option) any later version.
9 : //#
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12 : //# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Library General Public
13 : //# License for more details.
14 : //#
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16 : //# along with this library; if not, write to the Free Software Foundation,
17 : //# Inc., 675 Massachusetts Ave, Cambridge, MA 02139, USA.
18 : //#
19 : //# Correspondence concerning AIPS++ should be addressed as follows:
20 : //# Internet email: casa-feedback@nrao.edu.
21 : //# Postal address: AIPS++ Project Office
22 : //# National Radio Astronomy Observatory
23 : //# 520 Edgemont Road
24 : //# Charlottesville, VA 22903-2475 USA
25 : //#
26 : //# $Id$
27 : #ifndef FLAGGING_FLAGGER_H
28 : #define FLAGGING_FLAGGER_H
29 :
30 : #include <flagging/Flagging/RFCommon.h>
31 : #include <flagging/Flagging/RFABase.h>
32 : #include <flagging/Flagging/FlagVersion.h>
33 :
34 : #include <casacore/ms/MeasurementSets/MeasurementSet.h>
35 : #include <casacore/ms/MSSel/MSSelection.h>
36 : #include <casacore/measures/Measures/MDirection.h>
37 : #include <casacore/measures/Measures/MPosition.h>
38 : #include <casacore/measures/Measures/MRadialVelocity.h>
39 : #include <casacore/casa/Logging/LogIO.h>
40 : #include <casacore/casa/Arrays/Vector.h>
41 : #include <casacore/casa/Containers/Record.h>
42 : #include <casacore/casa/Quanta/Quantum.h>
43 :
44 : namespace casa { //# NAMESPACE CASA - BEGIN
45 :
46 : class VisSet;
47 : class RFChunkStats;
48 :
49 : // <summary>
50 : // Flagger: high-performance automated flagging
51 : // </summary>
52 :
53 : // <use visibility=global>
54 :
55 : // <reviewed reviewer="" date="" tests="" demos="">
56 : // </reviewed>
57 :
58 : // <prerequisite>
59 : // <li> implement/Flagger
60 : // </prerequisite>
61 : //
62 : // <etymology>
63 : // casacore::MSFlagger and plain flagger were already taken.
64 : // </etymology>
65 : //
66 : // <synopsis>
67 : // Flagger performs automated flagging operations on a measurement set.
68 : // The class is constructed from an MS. After that, the run method may be used
69 : // to run any number of flagging agents.
70 : // </synopsis>
71 : //
72 : // <example>
73 : // // construct casacore::MS and flagger
74 : // casacore::MeasurementSet ms("test.MS2",casacore::Table::Update);
75 : // Flagger flagger(ms);
76 : // // build record of global flagging options
77 : // casacore::Record opt(casacore::Record::Variable);
78 : // // build record of flagging agents to be run
79 : // casacore::Record selopt( flagger.defaultAgents().asRecord("select") );
80 : // selopt.define(RF_POLICY,"RESET");
81 : // selopt.define(RF_AUTOCORR,true);
82 : // casacore::Record agents(casacore::Record::Variable);
83 : // agents.defineRecord("select",selopt);
84 : // // perform the flagging
85 : // flagger.run(agents,opt);
86 : // </example>
87 : //
88 : // <motivation>
89 : // We need an automated flagging tool. Existing tools (casacore::MSFlagger and flagger.g)
90 : // were too slow. Hence, Flagger was developed.
91 : // </motivation>
92 : //
93 : // <todo asof="2001/04/16">
94 : // <li> add this feature
95 : // <li> fix this bug
96 : // <li> start discussion of this possible extension
97 : // </todo>
98 :
99 :
100 : class Flagger : public FlaggerEnums
101 : {
102 : protected:
103 : // creates an agent by name
104 : std::shared_ptr<RFABase> createAgent ( const casacore::String &name,RFChunkStats &chunk,const casacore::RecordInterface &parms, bool &only_selector );
105 :
106 : // sets up record of agents and default parameters
107 : const casacore::RecordInterface & setupAgentDefaults ();
108 :
109 : // print flagging reports from individual agents
110 : void printAgentReports ( );
111 :
112 : void printSummaryReport ( RFChunkStats &chunk );
113 : casacore::Bool selectDataChannel();
114 :
115 : casacore::MeasurementSet ms;
116 : casacore::MeasurementSet originalms;
117 : std::vector<std::shared_ptr<RFABase> > acc;
118 :
119 : //new added
120 : casacore::MeasurementSet *mssel_p;
121 : VisSet *vs_p;
122 : bool scan_looping; /* Is scan number part of visiter looping? */
123 : casacore::String msname_p;
124 : casacore::Bool nullSelect_p;
125 : casacore::Bool setdata_p;
126 : casacore::Bool selectdata_p;
127 : casacore::String dataMode_p;
128 :
129 : // casacore::Vector<casacore::Int> dataEnd_p;
130 : // casacore::Vector<casacore::Int> dataStart_p, dataStep_p;
131 : // casacore::Vector<casacore::Int> dataspectralwindowids_p;
132 : // casacore::Vector<casacore::Int> spwidnchans_p;
133 : casacore::Vector<casacore::String> correlations_p;
134 : casacore::Vector<casacore::Int> datafieldids_p;
135 : casacore::Vector<casacore::Int> datadescids_p;
136 : casacore::MRadialVelocity mDataStart_p;
137 : casacore::MRadialVelocity mDataStep_p;
138 :
139 : //
140 : casacore::uInt nant,nifr,nfeed,nfeedcorr;
141 : casacore::Vector<casacore::Int> ifr2ant1,ifr2ant2;
142 : casacore::Vector<casacore::String> antnames;
143 : casacore::Vector<casacore::Double> spwfreqs;
144 :
145 : casacore::Record agent_defaults;
146 :
147 : static casacore::LogIO os;
148 :
149 : public:
150 : // default constructor
151 : Flagger ();
152 : // construct and attach to a measurement set
153 : Flagger ( casacore::MeasurementSet &ms );
154 :
155 : ~Flagger ();
156 :
157 : // Change or set the casacore::MS this Flagger refers to.
158 : bool attach( casacore::MeasurementSet &ms, casacore::Bool setupAgentDefaults=true );
159 :
160 : // Set the data selection parameters
161 : casacore::Bool selectdata(casacore::Bool useoriginalms=false,
162 : casacore::String field="", casacore::String spw="", casacore::String array="", casacore::String feed="", casacore::String scan="",
163 : casacore::String baseline="", casacore::String uvrange="", casacore::String time="",
164 : casacore::String correlation="", casacore::String intent="", casacore::String observation="");
165 :
166 : // Make a data selection
167 : casacore::Bool setdata(casacore::String field, casacore::String spw, casacore::String array, casacore::String feed, casacore::String scan,
168 : casacore::String baseline, casacore::String uvrange, casacore::String time,
169 : casacore::String correlation, casacore::String intent, casacore::String observation="");
170 :
171 : // Make a selection for manual flagging
172 : casacore::Bool setmanualflags(casacore::Bool autocorr,
173 : casacore::Bool unflag,
174 : casacore::String clipexpr,
175 : casacore::Vector<casacore::Double> cliprange,
176 : casacore::String clipcolumn,
177 : casacore::Bool outside,
178 : casacore::Bool channel_average,
179 : casacore::Double quackinterval=0.0,
180 : casacore::String quackmode=casacore::String("beg"),
181 : casacore::Bool quackincrement=casacore::Bool(false),
182 : casacore::String opmode=casacore::String("flag"),
183 : casacore::Double diameter = -1.0,
184 : casacore::Double lowerlimit = -1.0,
185 : casacore::Double upperlimit = 91.0);
186 :
187 : // Clean up all agents of type "select".
188 : //casacore::Bool clearflagselections(casacore::Vector<casacore::Int> &recordlist,casacore::Vector<casacore::String> &agentlist);
189 : casacore::Bool clearflagselections(casacore::Int recordindex);
190 : casacore::Bool printflagselections();
191 :
192 : // Fill the selection record to attach to the list of agents
193 : casacore::Bool fillSelections(casacore::Record &rec);
194 :
195 : // Set autoflag params
196 : casacore::Bool setautoflagparams(casacore::String algorithm, casacore::Record ¶meters);
197 :
198 : // Get default autoflag params
199 : casacore::Record getautoflagparams(casacore::String algorithm);
200 :
201 : casacore::Bool addAgent(casacore::RecordInterface &newAgent);
202 :
203 : // Detaches from the casacore::MS
204 : void detach();
205 :
206 : casacore::Record run(casacore::Bool trial, casacore::Bool reset);
207 :
208 : void summary ( const casacore::RecordInterface &agents );
209 :
210 : // flag version support.
211 : casacore::Bool saveFlagVersion(casacore::String versionname, casacore::String comment, casacore::String merge);
212 : casacore::Bool restoreFlagVersion(casacore::Vector<casacore::String> versionname, casacore::String merge);
213 : casacore::Bool deleteFlagVersion(casacore::Vector<casacore::String> versionname);
214 : casacore::Bool getFlagVersionList( casacore::Vector<casacore::String> &verlist);
215 :
216 :
217 : // returns current MS
218 0 : const casacore::MeasurementSet & measSet() const { return ms; }
219 :
220 : // number of antennas in MS
221 0 : casacore::uInt numAnt () const
222 0 : { return nant; };
223 :
224 : // number of IFRs in MS
225 0 : casacore::uInt numIfr () const
226 0 : { return nifr; };
227 :
228 : // number of feeds in MS
229 0 : casacore::uInt numFeed () const
230 0 : { return nfeed; };
231 :
232 : // number of feed correlations in MS
233 0 : casacore::uInt numFeedCorr () const
234 0 : { return nfeedcorr; };
235 :
236 : // names of antennas
237 0 : const casacore::Vector<casacore::String> & antNames() const
238 0 : { return antnames; };
239 :
240 : // derives a flat IFR index from two antenna indices
241 : casacore::uInt ifrNumber ( casacore::Int ant1,casacore::Int ant2 ) const;
242 :
243 : // vector version of above
244 : casacore::Vector<casacore::Int> ifrNumbers ( casacore::Vector<casacore::Int> ant1,casacore::Vector<casacore::Int> ant2 ) const;
245 :
246 : // derives antenna indices from a flat IFR index
247 : void ifrToAnt ( casacore::uInt &ant1,casacore::uInt &ant2,casacore::uInt ifr ) const;
248 :
249 : // returns a record with all available agents and their default options
250 : const casacore::RecordInterface & defaultAgents () const
251 : { return agent_defaults; }
252 :
253 : // returns a record of available options
254 : static const casacore::RecordInterface & defaultOptions ();
255 :
256 : // returns the log sink
257 : static casacore::LogIO & logSink () { return os; }
258 :
259 : /* Get rid of negative indices (meaning negation of antenna) in baselinelist */
260 : static void reform_baselinelist(casacore::Matrix<casacore::Int> &baselinelist, unsigned nant);
261 :
262 : static int my_aipspp_sum(const casacore::Array<casacore::Bool> &a);
263 :
264 : private:
265 :
266 : Flagger( const Flagger & ) {};
267 :
268 : Flagger& operator=(const Flagger &) { return *this; };
269 :
270 : void printAgentRecord(casacore::String &, casacore::uInt, const casacore::RecordInterface &);
271 :
272 : // Sink used to store history
273 : casacore::LogSink logSink_p;
274 :
275 : // Hold the original ms
276 : casacore::MeasurementSet *originalms_p;
277 :
278 : // casacore::MS Selection
279 : casacore::MSSelection *msselection_p;
280 : bool spw_selection; //non-trivial spw-selection
281 :
282 : // casacore::List of Agents
283 : casacore::Record *agents_p;
284 : casacore::Int agentCount_p;
285 :
286 : // casacore::List of extra options
287 : casacore::Record *opts_p;
288 :
289 : // Debug Message flag
290 : static const bool dbg;
291 :
292 : casacore::Bool quack_agent_exists;
293 : /* More initialization is required, if there exists a quacking agent */
294 : };
295 :
296 :
297 : } //# NAMESPACE CASA - END
298 :
299 : #endif
300 :
|
